Kirgistan jest republiką prezydencko-parlamentarną. Obowiązuje konstytucja z 1993 r., ze zmianami rozszerzającymi uprawnienia prezydenta (inicjatywa prezydenta A. Akajewa, przyjęta w 2003 r. na drodze referendum). Prezydent K. Bakijew, który doszedł do władzy po tzw. Rewolucji Tulipanów w 2005 r., w czasie zmasowanej akcji protestów opozycji politycznej w 2006 r. wynegocjował nowy wariant konstytucji, oddając część swoich uprawnień parlamentowi. Po miesiącu, w grudniu 2006 r., prezydent doprowadził do kolejnych zmian w tekście konstytucji, które umocniły jego pozycję w państwie. Sąd Konstytucyjny we wrześniu 2007 r. uchylił obie wersje konstytucji z 2006 r. W referendum w październiku 2007 r. przyjęte zostały poprawki do konstytucji 1993 r., wzmacniające pozycję prezydenta. Samo referendum zostało skrytykowane przez OBWE ze względu na znaczące naruszenia procedur głosowania. Spory wokół ustawy zasadniczej wykazały słabość prawnych podstaw państwa oraz silny związek rzeczywistych kompetencji instytucji państwowych z nieoficjalnym układem sił w ścisłym kierownictwie państwa.

Głową państwa od 14 sierpnia 2005 r. jest prezydent Kurmanbek Bakijew, wybrany
w wyborach powszechnych na 5-letnią kadencję. Premierem od 24 grudnia 2007 r. jest Igor Czudinow, który nie posiada zaplecza politycznego i jest aktywny głównie w sferze gospodarczej. Partia, która posiada bezwzględną większość w parlamencie, przedstawia prezydentowi do akceptacji kandydaturę premiera (jeśli żadna partia nie posiada bezwzględnej większości, prezydent wskazuję partię, która przedstawia kandydaturę premiera). Premier przedstawia prezydentowi do akceptacji skład Rady Ministrów; prezydent ma prawo samodzielnego wyboru ministrów obrony oraz bezpieczeństwa.